Tu est obligé d'avoir le GND commun au circuit pour envoyer un pwm sur la commande de tes drivers "MOSFET"( en 0-5v).
Si tu n'y arrives pas, essaie de prendre le 24v (les deux batteries) mets y un régulateur 7812 (si tu dois rentrer en 12v sur ton Arduino).
Il faut que tu sortes par contre la commande du joystick bien sur sinon tu auras un conflit entre les deux signaux (arduino et sortie joystick)
Tu dois attaquer sur les drivers de mosfets....
Salut si ca t interesse j'en ai fabrique une elle est visible sur http://samuel-bo.wifeo.com/
Sur le site tu as quelques idées pour faire le montage.
Pour ma part je l'utilise depuis 6 ans et j'en suis entièrement content , c'est biensur du fait maison carte electronique développée avec un microcontroleur pic et possibilité de prendre la main à distance.
SAM