Le microcontrôleur n'est pas sur la carte rouge, c'est juste un convertisseur USB => série (et je suis presque sur que c'est un CH340). Le microcontrôleur ici c'est le gros composant sur l'arduino (ATMega 328p). Il y a aussi probablement un ou deux STM32 par petit module noir.
La manette devrait être connectée en USB, parce qu'en bluetooth ça fait une batterie de plus à charger, le fonctionnement de la manette PS3 en bluetooth est (a ce que j'ai pu lire) très compliqué et ça te fait integrer un module bluetooth avec ton microcontrôleur.
Pour la partie radio, ces kits utilisent le 2.4GHz mais probablement pas le bon protocole pour que le recepteur soit branché directement au contrôleur de vol. D'après le peu de choses que j'ai pu trouver sur ton contrôleur de vol, il peut accepter les commandes en PPM ou SBUS. Je n'ai pas trouvé beaucoup d'informations, mais je pense qu'il faut déjà que tes modules 2.4GHz aient une portée suffisante, et il te faudrait un truc dans ce genre :
Sur le pilote :
Manette --> Port USB --> Microcontrôleur --> Emetteur 2.4GHz.
La manette communique en USB avec le microcontrôleur, d'ailleurs il y a déjà des gens qui l'ont fait
Le microcontrôleur communique avec l'emetteur en utilisant l'UART (mais cela pourrait eventuellement être I2C ou SPI sur d'autres modules).
Dans le drone :
Recepteur 2.4GHz --> Microcontrôleur --> Naze 32 F3 Evo
Le récepteur recoit les commandes du pilote en 2.4GHz (protocole inconnu, mais ça on s'en tape, ça va par paire).
Le récepteur transmet les commandes au microcontrôleur par l'UART (même chose, I2C ou SPI éventuellement possible).
Le microcontrôleur transmet les données au contrôleur de vol par PPM ou SBUS.
Dans le cas ou le firmware du contrôleur de vol est libre, il est possible de le modifier pour recevoir directement les commandes par l'UART et se passer de microcontrôleur supplémentairedans le drone.
Pour les microcontrôleurs, j'aurais tendance à te conseiller d'utiliser arduino pour le prototypage si tu es débutant en microcontrôleurs (ce qui semble être ton cas), sinon, go STM32 (meilleures performances, meilleur rapport fonctionnalités/prix,...).
EDIT : Je viens de trouver un article sur le SBUS (en anglais), qui serait en fait un signal UART, mais inversé (par une porte logique ou un simple transistor).