En première année de prepa j'ai fais très peu d'automatique, je te dirai l'annee prochaine si c'est plus au programme de deuxième année 
Une partie de l'automatique est faite en cours de SI (schémas-blocs et tout le tintouin), une autre partie est étudiée en école d'ingé sous la forme des cours de systèmes linéaires et d'asservissement. Une recherche avec ces mots-clefs devrait te sortir des cours de base et sûrement quelques cours plus avancés.
Tu peux regarder du côté de l'analyse numérique également, qui me semble un complément utile pour aborder l'automatique du point de vue mathématique et computationnel.
Chercher "Équipe de Commande des Systèmes" peut t'amener également aux cours que tu cherches. Il s'agit d'une équipe de recherche de mon école qui travaille sur plusieurs aspects de l'automatique.